自分用メモ
古い情報が多いので少しずつ切り貼りしていく。
バイオインフォマティックスの主戦場がどんどん移動しているため、biorubyも古くなってきてしまってる。。
Railsの流行した年代のツールに集中してる感があって、現状にそぐわない印象。
おそらく、biorubyはワークフローを記述するためのもの。
参照情報
BioRuby の使い方
・独自のシェル機能の説明が続いてなかなか本論に入らない。本当にシェル機能は必要なのだろうか
塩基・アミノ酸配列を処理する (Bio::Sequence クラス)
・Bio::Sequence::NA クラス
・Bio::Sequence::AA クラス
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require 'bio' seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa") puts seq # 元の配列 puts seq.complement # 相補配列 (Bio::Sequence::NA) puts seq.subseq(3,8) # 3 塩基目から 8 塩基目まで p seq.gc_percent # GC 塩基の割合 (Integer) p seq.composition # 全塩基組成 (Hash) puts seq.translate # 翻訳配列 (Bio::Sequence::AA) puts seq.translate(2) # ２文字目から翻訳（普通は１から） puts seq.translate(1,9) # ９番のコドンテーブルを使用 p seq.translate.codes # アミノ酸を３文字コードで表示 (Array) p seq.translate.names # アミノ酸を名前で表示 (Array) p seq.translate.composition # アミノ酸組成 (Hash) p seq.translate.molecular_weight # 分子量を計算 (Float) puts seq.complement.translate # 相補配列の翻訳 |
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ff = Bio::FlatFile.auto(filepath) |