今日の落書き bioruby を眺めてみた

投稿者: | 2017年9月7日

正確にはbiorubyのyard documentをながめてみた。

眺めた感じだと、Bioモジュールの中に、「手法/プログラム」を扱うクラスと、「ファイル」を扱うクラスと、「データベース」を扱うクラスみたいなのがあるっぽい。
ところがクラスのドキュメントにもOverviewやDiscriptionがないのが多くて、どのクラスが何を扱うクラスなのか、理解するのに若干の困難を感じる。

逆にいうとちょっとドキュメント追記するだけで、Pull Requestがはかどりそうである。多分そういうドキュメントが整備されていないクラスはあまり大事じゃないクラスなんだろうけれども、大事じゃないなら大事じゃないことがすぐわかるようになっててほしい。もうひとつOverviewが書かれないクラスが存在する理由は、同一ファイル内の別クラスに、ほぼ同様の記述があるからじゃないかと想像するが確かめてはいない。

ざっと眺めて感じたのは、Biorubyは処理をするための道具ではなく、ワークフローを書くことを意図しているのだろうということ。
速度を必要とする処理に関しては、C言語なんかで書かれた個別のプログラムを利用するべきなのだと思う。

逆にいうと、今後 Bioruby がどれだけ便利に使っていけるかということは、新しい手法/プログラム/ファイル形式が、どれだけ柔軟にBioモジュールに追加できるかどうか、という点にかかってくると思われる。(もちろんそのような公益な作業をしたい人よりも、単に追加されたクラスを使いたいだけの人が多いに決まっている。)

となると、なぜ2016年で開発が急にストップしているように見えるのかが気になる。

正直なにが何なのかよくわからないので今日はこのぐらい。

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